Appréciés par leur tolérance au stress de différents facteurs tels changements de température, de pH, du taux d’oxygène, les poissons rouges (cyprin doré : Carassius auratus) sont une bonne base d’initiation en aquaponie.
Toutes sortes de variétés colorées sont apparues, de même que des mutations plus importantes au niveau de la forme du corps, très recherchées chez ces poissons ornementaux